医疗期满后，公司通知家属做劳动能力鉴定，看是否可以办理病退。

如果不能办理病退，公司可以依据相关规定解除劳动合同，但需要支付经济补偿金及医疗补助（有的地区明确规定需要支付医疗补助费，有的地区没有明确支付，建议与当地劳动部门确认）。

目前该员工失去了民事行为能力，由于没有法定监护人，他的侄子是否可以成为指定监护人，是与他的侄子签订相关协议是否有效的前提条件，建议由该员工所在的居委会或者村委会出具相关文件，指定他的侄子作为监护人，此时，公司与他侄子达成的相关协议具有法律效力。