1、不合法，虽然是以员工A的名义为出事员工借款，但不能将这笔款项的归还责任归咎于员工A。因为工资与借款分属两种不同性质的法律关系，分别受劳动法律法规和普通民事法律法规调整，不能直接予以相互抵销。如双方发生争议，将分别按劳动争议和普通民事借款纠纷处理。劳动仲裁在处理此事宜时，一般都会仅处理工资部分，要求公司补发工资;而对借款部分则要求另行向法院起诉。2、建议处理方法：公司应立即补发员工A工资扣除的2000元，通过EMS邮寄借款归还通知书至出事员工户籍地址或联系地址(保留邮寄证据)，通知书上明确归还日期，同时通知书明确若到期不还，将向法院提起诉讼。若是出事员工之前有留紧急联系人号码，可通过紧急联系人联系出事员工，通知出事员工归还借款。相关法律依据：《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。《工资支付暂行规定》第六条规定，用人单位应将工资支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可由其亲属或委托他人代领。第十五条还规定，用人单位不得克扣劳动者工资。

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